Iniziata nel 1882, in stile romanico e ad una sola navata, terminata ed aperta al culto il 15 settembre 1891. In seguito venne costruita una navata laterale e la sacrestia.
Dopo il terremoto del 1908, che arrecò danni gravissimi, fu riparata e venne edificata la terza navata. Recentemente, di fianco la chiesa, è stata costruita l’abitazione dei padri Francescani con annesso il moderno salone “Padre Costante”.
Di particolare pregio è l’altare maggiore in marmo, comprato dal commerciante Michele Ferrigno, proveniente però da un’altra chiesa in quanto antichissimo e con due stemmi vescovili scolpiti ai suoi lati. La chiesa inoltre custodisce un quadro, opera del pittore bovalinese Parisi, raffigurante “L’apparizione della Madonna a San Francesco di Paola”.
Il soffitto, le pareti e la semicupola sono stati decorati, negli anni ’80, con dipinti del pittore cassanese Guido Faita. La chiesa nel tempo fu oggetto di vari restauri come l’intero rifacimento del tetto a causa di un crollo negli anni 2015/16.
Attualmente dopo 60 anni di presenza Francescana, da oltre 6 anni la chiesa è gestita dalla Congregazione Religiosa “Pia Società di San Gaetano” detti Gaetanini.
Il giorno della festa del Santo Patrono che per la Città di Bovalino è San Francesco di Paola ricade nella prima decade d’agosto dove la statua del Santo della gente di mare della nazione italiana solca le acque del mare Bovalinese.